地形地貌。高淳區在大地構造單元上屬南京凹陷的邊緣地帶，溧高褶皺隆起帶背斜一翼自北而南斜穿區境，有大面積的黃土崗地分布，在流水切割下，崗地破碎，形成區境東部丘陵起伏，崗、塝、沖交錯的特點。由于中生代燕山運動后期的斷裂作用，使溧高背斜西北翼斷裂下沉，在區境西部形成一個廣大的凹陷盆地。因此，高淳地貌由平原和丘陵崗地組成，以平原為主。全區平原面積291平方千米，占陸地面積51.37%；丘陵崗地面積275.5平方千米，占48.63%。平原有石臼湖、固城湖湖區平原和胥溪河河谷平原。湖區平原位于區境西部固城湖、石臼湖之間，系由水陽江和區內河流夾帶的泥沙在石臼湖和固城湖湖盆中淤積而成。湖區平原內河溝縱橫，水網密布，地面高程大都在4~7米之間，處于洪水位之下，均筑堤圍圩。汛期洪水位往往高出田面4米左右，常受洪澇侵襲。其東部°在固城湖周圍因間有低矮丘陵，地勢高低差距較大，形成上丘下圩地形，地面高程在7~50米，外洪內澇，是它的主要特點。河谷平原位于區境東南部，與太湖西洮滆圩區相連，屬太湖流域，系由胥溪河及其支流泛濫泥沙堆積而成，地面高程5~15米，地勢平坦，水源充沛，但由于四周多丘陵，水流不暢，大雨暴雨易成災害。丘陵處于區境中部偏東，為茅山、天目山余脈結合部，大致呈西南向和東北向帶狀分布，并在全村渡河底相銜接。茅山余脈東北端起自高淳、溧陽、溧水交界處的洪家山，向西南延伸，海拔約60~70米，相對高度40~60米。大游山海拔189米，居群山之首。天目山余脈突起于高淳與宣州交界處的蔣山，由南向北綿延起伏于固城湖畔，海拔一般在120~140米。所有山體由石英巖組成，其南麓還有一定面積的玄武巖組成的高地。在新構造運動中這兩支余脈山體都有明顯的抬升過程，是太湖水系和水陽、青弋江水系的分水嶺。

高淳區以東壩（今以茅東進水閘）為界，分屬水陽江、青弋江和太湖兩個水系。東壩以西各水屬水陽江、青弋江水系；東壩以東各水屬太湖水系。高淳區西部原為固城、丹陽、石臼三湖環抱。“三湖”歷史上本為一湖即丹陽湖，亦稱丹陽大澤，是中國古代五大湖泊之一。后由于地殼運動和江河泥沙不斷淤積，先后分化出固城湖、石臼湖。固城湖又名小南湖，位于區境南部，該湖與水陽江通連的河流有水碧橋河、官溪河和宣州境內的新牛耳港，區間河流有胥溪河、漆橋河等。原有面積78平方千米，經20世紀70年代圍墾，湖面縮小至30.9平方千米。其南端串湖大堤南側已被宣州圍墾，今湖南緣湖岸至串湖大堤中心線界宣州市，全湖悉屬高淳。石臼湖又名北湖，位于區境北部蘇皖交界線上，該湖納皖南山區水陽江、青弋江和溧水區新橋河、天生橋河等來水，長江汛期時亦有江水倒灌，湖水經三叉河、姑溪河由當涂入長江。原有面積266.7平方千米，經20世紀70年代臨湖各地區圍墾，湖面縮小至207.6平方千米。該湖分屬高淳、溧水和安徽當涂三區（縣）。其分界，由長樂港入中流河，沿中流河中心線至湖中三區（縣）分界點，高南當北；由三區（縣）分界點經高山圩東河道中心線至藕絲閘，高西溧東。高淳境內湖面約25平方千米。丹陽湖又名西湖、西蓮湖，位于區境西部，南承水陽江、青弋江水，東由運糧河、官溪河連固城湖，東北經三叉河連石臼湖，西北出姑溪河入長江，西經烏溪河、清水河由蕪湖通長江。原有面積161平方千米，經20世紀六七十年代沿湖各地圍墾，今僅存一些河道，已名存實亡。高淳區境內河流縱橫，主要河流有水陽江高淳段、胥溪河、運糧河、官溪河等。水陽江源于黃山、天目山山脈北麓，干流全長273千米，流域面積10385平方千米。自水碧橋入高淳區境，至費家嘴與運糧河合流，經當涂姑溪河入長江，境內長20.4千米，為西部圩區主要航道。胥溪河即胥河，相傳為春秋時伍子胥開鑿，故名。西起固城湖口，東至高淳與溧陽邊境的朱家橋，全長30.6千米，流域面積225平方千米，為世界上最古老的人工運河之一。原有東壩、下壩阻斷，1958年拆除東壩，建茅東進水閘和封口壩；1991年6月下壩船閘投入運行，封口壩和下壩先后拆除，胥溪河全程通航，成為長江下游與太湖流域間的內河航運動脈。運糧河位于區境西北部，自楊家灣至費家嘴西北匯入水陽江，長5.6千米，河底高程4米，河面寬80~100米。今該河為高淳區與當涂區的邊界河流。官溪河南連固城湖，北出楊家灣閘后向西接運糧河，向東接塘溝河入石臼湖，全長8.7千米，河底高程3.5~4.5米，河底寬15~40米，河面寬40~60米。該河是固城湖的主要泄洪河道，亦是高淳達長江的主要航道。????

氣候狀況。南京市高淳區地處江蘇省西南端，屬北亞熱帶南部季風氣候區。四季分明，降水豐沛，日照充足，無霜期長。